工业废水成分复杂，处理起来难度大，生化法是常用的高效处理方法，靠微生物把废水中的污染物分解掉，处理效果好，成本也相对较低。生化处理主要分为好氧处理和厌氧处理，根据废水的污染程度选择不同的方法。
好氧处理需要给废水充氧，让好氧微生物活跃起来，分解废水中的有机物，比如活性污泥法就是把空气不断通入废水，让微生物形成污泥絮体，吸附和分解污染物。厌氧处理则是在无氧的环境下，让厌氧微生物工作，把有机物分解成甲烷和二氧化碳，甲烷还能收集起来当能源用，适合处理高浓度的工业废水。
生化处理的关键是培养好微生物，要保证废水的温度、pH值适合微生物生长，还要给微生物提供足够的营养，比如氮、磷等。要是废水中有有毒物质，会杀死微生物，影响处理效果，所以在生化处理前要先进行预处理，去除有毒物质。处理后的废水要检测达标才能排放，不能直接排到自然水体中。工业企业要定期监测生化池里的微生物活性，根据废水水质调整处理参数，保证处理效果稳定。